Praca z programem sprowadza się do wyboru odpowiedniego katalogu, ustalenia ilości nadpisań pliku przed zniszczeniem oraz określenia zakresu niszczenia plików w katalogu - niszczenie pojedyńczo wybieranych plików (opcja domyślna) lub wszystkich plików katalogu.
W kolejnym kroku należy określić ilość nadpisań kombinacją losowo generowanych znaków przed zniszczeniem pliku. Powyższą operację przeprowadzamy jedynie w przypadku, kiedy nie odpowiada nam domyślnie ustawiana w oknie edycyjnym wartość.
Aktywacja klawisza (przycisku) "Niszcz" inicjuje proces nadpisywania i niszczenia pliku.
Stan zaawansowania tego procesu ilustruje ukazujący się po prawej stronie formatki pionowy
pasek (czerwony) postępu, natomiast jego zakończenie jest sygnalizowane stosownym komunikatem.
Opisane wyżej czynności mogą zostać skrócone - dwukrotny klik myszą na wybieranym pliku
wprowadza go w pole niszczenia rozpoczynając jednocześnie ten proces.
W przypadku niszczenia wszystkich plików w katalogu należy w prawym, górnym panelu
"Zakres niszczenia" wybrać (klik) opcję "Wszystkie pliki" oraz ewentualnie zmienić
ilość nadpisań plików.
Aktywacja przycisku "Niszcz" w kolejnym kroku powoduje samoczynny wybór pierwszego
w katalogu pliku oraz jego nadpisywanie i niszczenie. Następnie program sam dokonuje wyboru
i niszczenia kolejnych plików, aż do całkowitego opróżnienia katalogu.
W przypadku wyboru w zakresie niszczenia opcji "Podkatalogi z plikami" wszelkie operacje należy przeprowadzać z wyjątkową rozwagą.
W wyniku wyboru tej opcji będą niszczone wszystkie podkatalogi i pliki jakie znajdują się w wybranym (panel u góry teraz w kolorze czerwonym) katalogu bez względu na posiadane atrybuty.
Z punktu widzenia użytkownika wykonywane czynności nie będą odbiegały od tych, opisanych przy niszczeniu plików w katalogu. Prostota w realizacji tej opcji wynika z faktu, że "Killer" samodzielnie przeprowadza na podkatalogach szereg operacji i kalkulacji, a przedstawione zestawienia plików są już ich wynikiem.
W każdej z wymienionych opcji niszczenia użytkownik jest na bieżąco informowany o ilościach plików i podkatalogów w wybieranych katalogach.