Pomimo dużych możliwości, wynikających z realizowania skomplikowanych operacji, obsługa programu jest wyjątkowo prosta i sprowadza się do aktywacji trzech w zasadzie opcji z Menu podręcznego, aktywowanych prawym klawiszem myszy w rejonie tarczy zegara. Opcjami tymi są: Ustawianie alarmów, Lista alarmów oraz Opcje zegara.
W wyniku aktywacji opcji "Ustawienie alarmów" otwierane jest okno dialogowe, w którym użytkownik wprowadza stosowne dane, zgodnie z zawartymi tam opisami tekstowymi.
Na dane w zakresie ustawiania alarmów składają się: godzina alarmowania, okres uprzedzającego alarmowania (czas wyprzedzenia alarmowania w zakresie od 0 do 5 minut), wybór koloru kodu spośród 8 możliwych kolorów oraz treść notatki jaka ukaże się w momencie alarmowania. Maksymalny rozmiar notatki - 50 znaków.
Po akceptacji wprowadzonych danych (przyciskiem OK) powyższe okno zostaje zamykane, dane wprowadzane zostają do bazy (plik - Zegar.box) a zewnętrzną oznaką gotowośći programu do alarmowania będzie migająca na obudowie zegara kropka w kolorze wybranym na pasku "Kolor kodu".
W wyniku aktywacji opcji "Lista alarmów" w otwieranej planszy (oknie) program informuje o zasobach swojej bazy. Oprócz terminu alarmowania (Data, Godzina) i treści informacji alarmowej sporo informacji dostarcza kolumna "Alarm". Wartość cyfrowa to ustawiony w opcji Ustawienie alarmów czas uprzedzenia o alarmie, kolor w rubryce jest kolorem kodu, widoczny po prawej zielony "ptaszek" oznacza, że alarm został już wykonany i jest nieaktualny - można go zatem usunąć.
WAŻNE! Z chwilą włączenia "Zegara" z terminem alarmowania który już minął ale nie został przez użytkownika odebrany alarmowanie będzie realizowane w momencie aktywacji programu. Jest to cenna zaleta bowiem każda wprowadzona informacja dotrze do użytkownika w normalnym lub alarmowym trybie.
W kolejnym dniu, wszystkie pozostawione w bazie alarmy automatycznie staną się znowu alarmami aktualnymi. W zależności od godziny włączenia programu zostaną zrealizowane w normalnym lub alarmowym trybie.
"Opcje zegara", zgodnie ze swoją nazwą, realizują dobór odpowiedniej szaty graficznej. Przyciski i okienka otwieranej, w następstwie aktywacji tej opcji, planszy zabezpieczają kolorystykę wszystkich elementów zegara, rozmiar i pozycje opisów oraz tryb alarmowania (bez dźwięku tylko za pomocą ukazującej się planszy, dźwięk speakera, lub z zewnętrznego pliku WAV).
Dokładny opis tych opcji jest zbyteczny z powodu w miarę jasnych opisów oraz możliwości sprawdzania w dowolnym momencie (przyciskami "Testuj") efektów takiego wyboru.
Możliwy rozmiar zegara to wartości w granicach 120 do 800 pikseli.
Ta opcja powinna być realizowana z opcją przenoszenia (kursorem myszy ) zegara w dowolne miejsce monitora. Tłem zegara może być kolorowa plansza lub dowolny (standardu BMP lub JPG) plik graficzny.